وأوشكت المحنة على الانتهاء عندما قبض على أخيه محمد قطب يوم 30/7/1965 فبعث سيد قطب برسالة احتجاج إلى المباحث العامة؛ فقبض عليه هو الآخر 9/8/1965 وقدم مع كثير من الإخوان للمحاكمة، وحكم عليه وعلى 7 آخرين بالإعدام، ولم يضعف أمام الإغراءات التى كانت تنهال من الطغاة من أجل العفو عنه فى مقابل أن يمدح الثورة وقوادها فكان رده بكل ثباتٍ وعزيمة "إن السبابة التى ترتفع لهامات السماء موحدةً بالله عز وجل لتأبى أن تكتب برقية تأييدٍ لطاغية ولنظامٍ مخالفٍ لمنهج الله الذى شرعه لعباده". أثناء محاكمة الشهيد طلب القاضى -الذى عينته الثورة- من الشهيد أن يذكر الحقيقة !! فكشف سيد قطب عن ظهره وصدره الذان تظهر عليهما آثار السياط وعصيان الحراس .. وقال للقاضى : أتريد الحقيقة ؟ .. هذه هى الحقيقة .. وبعدها أصبحت جلسات المحاكمة الهزلية مثار السخرية بين الجمهور وعندما سيق الأستاذ سيد قطب إلى ا لمشنقة .. كان يبتسم ابتسامةً عريضة نقلتها كاميرات وكالات الأنباء الأجنبية حتى أن الضابط المكلف بتنفيذ الحكم سأله .. من هو الشهيد ؟! فرد عليه سيد قطب بثباتٍ وعزيمة .. "هو من شهد أن شرع الله أغلى من حياته" .. وقبل أن ينفذ الحكم .. جاءوه برجلٍ معمَّم من الأزاهرة المغمورين .. فقال له "قل لاإله إلا الله " .. فردّ عليه الشهيد ردَّه الراسخ : "وهل جئت هنا إلا من أجلها" !! وتم تنفيذ حكم الإعدام فى سيد قطب صاحب الظلال .. ونفذ فيه الحكم في فجر الإثنين 13 جمادى الأولى 1386 هـ الموافق 29 أغسطس 1966.
كتب سيد قطب
1 - مهمة الشاعر في الحياة، وشعر الجيل الحاضر. (نقد).
2 - الشاطئ المجهول (شعر)
3 - نقد كتاب مستقبل الثقافة في مصر (نقد).
4 - التصوير الفني في القرآن (نقد).
5 - الأطياف الأربعة (بالاشتراك مع إخوته)
6 - طفل من القرية. (صور وصفية)
7 - المدينة المسحورة (قصة)
8 - كتب وشخصيات (نقد)
9 - أشواك (قصة)
10 - مشاهد القيامة في القرآن (نقد.
11 - روضة الطفل (قصص للأطفال بالاشتراك)
12 - القصص الديني للأطفال. (بالاشتراك مع عبد الحميد جودة السحار).
3 - الجديد في اللغة العربية (أدب).
14 - الجديد في المحفوظات (أدب)
15 - النقد الأدبي: أصوله ومناهجه.. (نقد).
16 - العدالة الاجتماعية في الإسلام (فكر)
17 - معركة الإسلام والرأسمالية (فكر).
18 - السلام العالمي والإسلام (فكر).
19 - في ظلال القرآن (تفسير).
20 - دراسات إسلامية (فكر)
21 - هذا الدين (فكر).
22 - المستقبل لهذا الدين (فكر)
23 - خصائص التصور الإسلامي (فكر)
24 - الإسلام ومشكلات الحضارة (فكر)
25 - معالم في الطريق (فكر)
26 - مقومات التصور الإسلامي (فكر)
27 - أفراح الروح (خواطر).
كتب سيد قطب
1 - مهمة الشاعر في الحياة، وشعر الجيل الحاضر. (نقد).
2 - الشاطئ المجهول (شعر)
3 - نقد كتاب مستقبل الثقافة في مصر (نقد).
4 - التصوير الفني في القرآن (نقد).
5 - الأطياف الأربعة (بالاشتراك مع إخوته)
6 - طفل من القرية. (صور وصفية)
7 - المدينة المسحورة (قصة)
8 - كتب وشخصيات (نقد)
9 - أشواك (قصة)
10 - مشاهد القيامة في القرآن (نقد.
11 - روضة الطفل (قصص للأطفال بالاشتراك)
12 - القصص الديني للأطفال. (بالاشتراك مع عبد الحميد جودة السحار).
3 - الجديد في اللغة العربية (أدب).
14 - الجديد في المحفوظات (أدب)
15 - النقد الأدبي: أصوله ومناهجه.. (نقد).
16 - العدالة الاجتماعية في الإسلام (فكر)
17 - معركة الإسلام والرأسمالية (فكر).
18 - السلام العالمي والإسلام (فكر).
19 - في ظلال القرآن (تفسير).
20 - دراسات إسلامية (فكر)
21 - هذا الدين (فكر).
22 - المستقبل لهذا الدين (فكر)
23 - خصائص التصور الإسلامي (فكر)
24 - الإسلام ومشكلات الحضارة (فكر)
25 - معالم في الطريق (فكر)
26 - مقومات التصور الإسلامي (فكر)
27 - أفراح الروح (خواطر).